Wissenschaftliche r Mitarbeiter in

Das Institut für Biodiversität des Johann Heinrich von Thünen-Instituts, Bundesforschungsinstitut für Ländliche Räume, Wald und Fischerei, sucht zum 1. Januar 2025, vorbehaltlich der Bewilligung und Mittelzusage, befristet für drei Jahre eine*n

wissenschaftliche*n Mitarbeiter*in (w/m/d)

im Bereich Bodenmikrobiologie

mit 50 % der regelmäßigen wöchentlichen Arbeitszeit zur Mitarbeit im Projekt „EcoPath“ - Evolutionary Ecology of Zoonotic Pathogens during Agricultural Transformations“.

Die Ausschreibung richtet sich explizit an Bewerberinnen und Bewerber, die neben dem Arbeitsverhältnis die eigene wissenschaftliche Weiterbildung, insbesondere die Promotion, anstreben.

Die nachhaltige Nutzung landwirtschaftlicher Böden wird durch die Stoffwechselleistungen eines vielfältig zusammengesetzten Mikrobioms aus Bakterien, Archaeen, Pilzen, Protisten und Viren gewährleistet. Was aber geschieht, wenn pathogene Bakterien in Böden gelangen? Im Verbundprojekt EcoPath untersucht das Thünen Institut für Biodiversität wie das Bodenmikrobiom auf den Eintrag von pathogen Bakterien am Beispiel von _Clostridioides difficile_, bzw. _Enterococcus faecalis_/_faecium_ reagiert. Hierzu soll ein Monitoring in Agrarökosystemen erfolgen. Außerdem sollen Bodenmikrokosmen für Ursache-Wirkungsanalysen genutzt werden. Boden-DNA und RNA Extraktionen dienen als Basis, um die Reaktion des Bodenmikrobiomes zu ermitteln.

Das Verbundprojekt wird koordiniert vom Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen. Zu den Projektpartnern gehören das Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung in Brauschweig, das Leipniz-Institut für Primatenforschung in Göttingen, die Tierärztliche Hochschule Hannover, sowie die Technische Universität Braunschweig.

Ihre Aufgaben:

- Bodenprobenahmen in Freilanduntersuchungen und deren fachgerechte Lagerungen für anschließende Boden-DNA und RNA Extraktionen
- Aufbau von Bodenmikrokosmen und experimentelle Untersuchungen zur Reaktion des Bodenmikrobioms, insbesondere der Protisten und Bakterien, auf den Eintrag von pathogenen Bakterien
- PCR Amplifikation von taxonomischen und funktionellen mikrobiellen Marker-Genen für die DNA-Sequenzierung und Quantifizierung: Aufarbeitung von Boden-DNA und RNA für Metagenom und Metatranskriptom-Sequenzierungen
- Durchführung von bioinformatischen und statistischen Analysen zur Ermittlung der Assoziation von mikrobiellen Pathogenen mit strukturellen und funktionellen Veränderungen des Bodenmikrobioms
- Präsentation der eigenen Arbeitsergebnisse und des Projekts auf Instituts-internen Seminaren, bei Treffen des Verbundprojekts EcoPath, sowie auf nationalen und internationalen Tagungen
- Erstellung von Berichten und Manuskripten über Forschungsergebnisse zur Publikation in internationalen begutachteten Fachzeitschriften

Ihr Anforderungsprofil:

- abgeschlossenes Hochschulstudium (Univ.Diplom, M.Sc.) in den Fachrichtungen Mikrobiologie, Biogeochemie, Geoökologie, Umweltnaturwissenschaften, Bioinformatik oder ähnlicher Fachdisziplinen
- exzellente Kenntnisse der mikrobiellen Ökologie und ein sehr hohes Interesse an Mikrobiom-Forschung und Ökologie
- Kenntnisse in der statistischen Datenanalyse, vorzugsweise mit R
- Kenntnisse der molekularen Ökologie, der Hochdurchsatz-Sequenzierung von DNA und Bioinformatik, einschließlich Erfahrungen mit Kommando-basierten Pipelines (z. B. Qiime 2, Metwrap) und/oder Linux bzw. Python sind wünschenswert
- hohes Organisationstalent, ausgeprägte Teamfähigkeit und sehr gute Kommunikationsfähigkeit
- sehr gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift
- Bereitschaft zu Dienstreisen und Beteiligung an Probenahmen in Deutschland

Wir bieten Ihnen die Möglichkeit, in einem aktiven und stimulierenden Forschungsumfeld gesellschaftlich hochrelevante Fragestellungen an der Schnittstelle zwischen Wissenschaft und Praxis zu bearbeiten und dabei Kontakte zu nationalen und internationalen Forschungseinrichtungen zu nutzen. Weil uns die fachliche und persönliche Entwicklung unserer Mitarbeitenden wichtig ist, bieten wir ein familienfreundliches Arbeitsumfeld, flexible Arbeitszeitmodelle und umfangreiche Angebote der fachlichen Aus
- und Weiterbildung an.

Wir unterstützen die Vereinbarkeit von Beruf und Familie und sind Träger des Zertifikates _audit berufundfamilie_. Um die Vereinbarkeit zu unterstützen, bietet das Thünen-Institut im Rahmen der dienstlichen Möglichkeiten u.a. flexible Arbeitszeitmodelle, Homeoffice und Telearbeit an.

Das Arbeitsverhältnis richtet sich nach den Bestimmungen des Tarifvertrages für den öffentlichen Dienst (TVöD). Die Zahlung des Entgelts erfolgt nach Entgeltgruppe 13 TVöD.

Neben dem Arbeitsverhältnis besteht Gelegenheit zur wissenschaftlichen Weiterbildung wie z. B. für Arbeiten an einer Dissertation. Die eigenen im Projekt erzielten Arbeitsergebnisse können dafür verwendet werden. Für die Promotion kann die Technische Universität Braunsc