Doktorand:in - Im Bereich Autophagie Und Amyloid-clearance (W/m/d)

Die Funktion jeder Zelle und jedes Organismus hängt entscheidend von den dynamischen Interaktionen zwischen biologischen Makromolekülen und damit von deren korrekter dreidimensionaler Struktur ab. Die Regeneration zellulärer Strukturen und Prozesse im laufenden Betrieb ist ein Alleinstellungsmerkmal biologischer Informationsverarbeitung. Fehlerhafte Interaktionen und fehlgefaltete Strukturen - wie die Ausbildung amyloider Fibrillen - führen letztlich zu Krankheit und Alterung. Durch Analyse pathologischer und altersbedingter Mechanismen eröffnen wir am Institut für Biologische Informationsprozesse - Strukturbiochemie (IBI-7) Zugänge zu neuen Verfahren zur Diagnose und Therapie neurodegenerativer Erkrankungen. Wir kombinieren modernste Methoden, um Aufbau und Funktion biologischer Strukturen auf molekularer Ebene zu verstehen, und entwickeln Strategien, um in diese einzugreifen. Dies umfasst neben der Entwicklung hochsensitiver Diagnostik-Verfahren und der Strukturaufklärung von löslichen Proteinen oder Amyloid-Fibrillen auch die Entwicklung und Testung neuer Wirkstoffkandidaten.

**Ihre Aufgaben**:
Ihr Projekt befasst sich mit der Beseitigung amyloider Strukturen im zellulären Kontext. Uns interessiert insbesondere die Beteiligung einer bestimmten Gruppe von Autophagie-relevanten Proteinen, der humanen Atg8-artigen Proteine. Wir wollen die relevanten Prozesse identifizieren und zugrunde liegende Mechanismen verstehen. Dafür kombinieren wir unsere Expertise auf dem Feld der humanen Atg8-Proteine (wie z.B. GABARAP) mit unserer langjährigen Erfahrung in Handhabung und Charakterisierung verschiedener Amyloid-Spezies (wie Aβ, α-Synuklein). Parallel soll innerhalb dieses Projektes der moderne Ansatz der gezielten Proteindegradation für fibrilläre Proteinaggregate durch die Entwicklung neuer bifunktionaler Moleküle vorangetrieben werden. Hierzu nutzen wir molekular, zell
- und strukturbiologische sowie biophysikalische Methoden, moderne Mikroskopie und evolutive Selektionsstrategien. Auf dem Gebiet des Designs therapeutischer Peptide oder niedermolekularer Wirkstoffe arbeiten wir eng mit unseren internationalen Partnern zusammen.

Ihre Aufgaben umfassen in diesem Zusammenhang unter anderem:
Sämtliche auf dem Gebiet anfallenden experimentellen Arbeiten wie zum Beispiel:

- Rekombinante Expression und Reinigung von Proteinen
- Bereitstellung und Charakterisierung von Amyloidfibrillen
- Durchführung von Interaktionsstudien in vitro (z.B. Biolayer-Interferometrie)
- Lokalisationsstudien im Zellkultursystem (konfokale LSM, TIRFM)
- Strukturanalysen (X-ray-Kristallographie, NMR-Spektroskopie und - mit ER-C-3 Cryo-EM)
- Phagendisplay-Selektionen
- Gründliche Aufbereitung ihrer Forschungsdaten (elektronisches Laborbuch)
- Präsentation der Ergebnisse auf Projektmeetings und nationalen bzw. internationalen Konferenzen
- Betreuung von Bachelor
- und Masterarbeiten im Rahmen des Projekts
- Mitarbeit an wissenschaftlichen Publikationen

**Ihr Profil**:

- Ein mindestens mit der Gesamtnote „gut“ (oder äquivalentem Score) abgeschlossenes und in Deutschland anerkanntes wissenschaftliches Hochschulstudium (Master of Science) im Bereich Biologie, Biochemie, Biophysik, Biotechnologie oder verwandter Disziplinen
- Sehr gute Kenntnisse in Molekularbiologie, Proteinbiochemie und Biophysik
- Praktische Erfahrungen in den Bereichen Proteinexpression, Proteinreinigung, Bakterien
- und Säugerzellkultur
- Freude an Laborarbeit und am eigenständigen wissenschaftlichen Arbeiten
- Zuverlässigkeit, Sorgfalt und die Fähigkeit zur Zusammenarbeit in interdisziplinären Teams
- Gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift
Deutschkenntnisse sind erwünscht, aber nicht zwingend erforderlich

Darüber hinaus wünschenswerte Qualifikationen:

- Erste Erfahrungen in den Bereichen Interaktionsanalyse, Strukturbiologie oder konfokale Laserscanning-Mikroskopie
Solides Vorwissen auf den Gebieten der Autophagie und/oder neurodegenerativen Erkrankungen

Wir erwarten ein hohes Maß an Selbstständigkeit, Zuverlässigkeit, einen gewissenhaften Arbeitsstil und Ihre Bereitschaft, sich für Ihr Projekt umfassend zu engagieren. Ausgeprägte Teamfähigkeit sowie die Fähigkeit zur kooperativen Zusammenarbeit sind ein Muss.

Bitte bewerben Sie sich auch dann gerne auf die Position, wenn Sie nicht sämtliche geforderten Fähigkeiten und methodischen Kenntnisse vollständig mitbringen. Fehlende Kompetenzen können ggf. im Rahmen der Einarbeitung noch vermittelt werden.

**Unser Angebot**:
Wir arbeiten an hochaktuellen gesellschaftlich relevanten Themen und bieten Ihnen die Möglichkeit, den Wandel aktiv mitzugestalten Wir unterstützen Sie in Ihrer Arbeit durch:

- Eine hochmotivierte Arbeitsgruppe sowie ein internationales und interdisziplinäres Arbeitsumfeld in einer der größten Forschungseinrichtungen in Europa
- Hervorragende wissenschaftliche und technische Infrastruktur
- Möglichkeit zur Teilnahme an (internationalen) Konferenzen und Projekttreffen
- Kontinuierliche fachliche Bet