Software Engineer

vor 3 Wochen

Jena, Thüringen, Deutschland Leibniz Institute for Natural Product Research and Infection Biology – Hans Knöll Institute (HKI) Vollzeit
Job Advertisement
Leibniz-HKI-24/2024


The Leibniz Institute for Natural Product Research and Infection Biology (Leibniz-HKI) investigates the pathobiology of human-pathogenic fungi and identifies targets for the development of novel natural product-based antibiotics.

The research group Microbiome Dynamics invites talented and highly gifted candidates to apply as

Software Engineer (m/f/div)


The research group Microbiome Dynamics (MDB) is seeking a highly skilled software engineer with a keen eye and interest in solving exciting life science problems.

Given the high demand for big data analysis applications in the life sciences, our demand for hardware and software solutions towards efficient, high-performance computation increases constantly.

In the recent past, we significantly upgraded our computer hardware to match our current demands.

On top of that, we reach out to the community whenever possible and encapsulate our services into pipelines and web applications.

Both our hardware and software require constant monitoring and maintenance.

To ensure the fulfilment of our goals, we welcome applications from software and IT specialists with the following expertise:

Your profile:
University degree in computer science, bioinformatics, or a comparable field

Experience in accessing server units through command line, as well as developing / maintaining analysis pipelines in containerized environments, is a must

Proficiency in R and/or Python for pipeline and web application development, as well as big data analysis

Interest in data sciences in the life sciences, including gene expression and microbiome data analysis, is a plus

Knowledge of statistical methods in the context of biological systems is a plus

In collaboration with our team, the tasks to be addressed by the software engineer comprise:

Web app development and maintenance

Curation of pipelines dedicated to efficient, high-throughput data preprocessing and analysis

Cluster management / server administration

Distributed computing / software scaling towards grid engines

Monitoring / work load surveillance of our HPCs

We offer:
The Software Engineer will be hosted in the research group Microbiome Dynamics (MBD) of Prof. Dr. Gianni Panagiotou of the Leibniz-HKI in an international, dynamic team with access to state-of-the-art computational resources.


Remuneration will be according to the TV-L (Collective Agreement for the Public Service of the Federal States, unrestricted, full-time) at the salary level E 10.

Depending on qualifications, adjustments are possible.

As an equal opportunity employer, the Leibniz-HKI is committed to increasing the percentage of female scientists and, therefore, especially encourages them to apply.


Further information:
Prof. Dr.

Gianni Panagiotou | | -Applications:Leibniz-HKI is proud to be an equal opportunity employer and promote diversity and inclusion in the workplace.

It aims to increase the proportion of underrepresented groups in case of equal suitability.

All qualified persons, regardless of color, religion, age, sex, sexual orientation, gender identity, national origin, disability, veteran status, or other classification protected by law will receive consideration for employment.


Complete applications in English should include a cover letter, a CV containing a complete list of publications, a brief statement of research experiences, and the addresses of two possible referees and should be submitted via the Leibniz-HKI online application system.

The deadline for the advertisement is May 31, 2024, but applications will be reviewed on a rolling basis.

  • Software Engineer

    Vor 4 Tagen

    Jena, Thüringen, Deutschland Leibniz-Institut für Naturstoff- Forschung u. Infektionsbiologie e.V. Vollzeit

    Job Advertisement Leibniz-HKI-24/2024 The Leibniz Institute for Natural Product Research and Infection Biology (Leibniz-HKI) investigates the pathobiology of human-pathogenic fungi and identifies targets for the development of novel natural product-based antibiotics. The research group Microbiome Dynamics invites talented and highly gifted candidates to...

  • Software Engineer

    vor 3 Wochen

    Jena, Thüringen, Deutschland Leibniz-Institut für Naturstoff- Forschung u. Infektionsbiologie e.V. Vollzeit

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  • Software Quality Engineer in der Halbleitertechnologie

    Vor 4 Tagen

    Jena, Thüringen, Deutschland ZEISS Vollzeit

    Sich etwas Neues trauen, über sich hinauswachsen und dabei die Grenzen des Machbaren neu definieren. Genau das ist es, was unsere Mitarbeitenden täglich leben dürfen und sollen. Um mit unseren Innovationen das Tempo vorzugeben und Großartiges zu ermöglichen. Denn hinter jedem erfolgreichen Unternehmen stehen eine ganze Menge faszinierender Menschen. ...

  • Software Engineer Java

    Vor 4 Tagen

    Jena, Thüringen, Deutschland Intershop Communications AG Vollzeit

    Homeoffice Ilmenau Jena permanent Full time Senior We are Intershop - We're built to boost your business As an e-commerce pioneer, we have been setting standards in the development of software for digital commerce for almost 30 years. With our cloud offering and as a Microsoft partner, we transform the challenges of the digital world into business...

  • Software Quality Engineer in der Halbleitertechnologie

    vor 3 Wochen

    Jena, Thüringen, Deutschland ZEISS Vollzeit

    Sich etwas Neues trauen, über sich hinauswachsen und dabei die Grenzen des Machbaren neu definieren. Genau das ist es, was unsere Mitarbeitenden täglich leben dürfen und sollen. Um mit unseren Innovationen das Tempo vorzugeben und Großartiges zu ermöglichen. Denn hinter jedem erfolgreichen Unternehmen stehen eine ganze Menge faszinierender Menschen. ...

  • Senior Systems Engineer

    Vor 4 Tagen

    Jena, Thüringen, Deutschland ZEISS Group Vollzeit

    At ZEISS Corporate Research and Technology, we develop technologies for the applications of tomorrow. Let your ideas shape the next generations of ZEISS products. We are a scientifically working group in the field of smart imaging modalities and sensor systems. We strive to develop novel sensor systems to replace costly and/or invasive solutions in...

  • Senior Systems Engineer

    vor 3 Wochen

    Jena, Thüringen, Deutschland ZEISS Gruppe Vollzeit

    At ZEISS Corporate Research and Technology, we develop technologies for the applications of tomorrow. Let your ideas shape the next generations of ZEISS products. We are a scientifically working group in the field of smart imaging modalities and sensor systems. We strive to develop novel sensor systems to replace costly and/or invasive solutions in...

  • Senior Systems Engineer

    Vor 4 Tagen

    Jena, Thüringen, Deutschland ZEISS Vollzeit

    Step out of your comfort zone, excel and redefine the limits of what is possible. That's just what our employees are doing every single day – in order to set the pace through our innovations and enable outstanding achievements. After all, behind every successful company are many great fascinating people. In a spacious modern setting full of opportunities...

  • Senior Systems Engineer

    vor 3 Wochen

    Jena, Thüringen, Deutschland ZEISS Gruppe Vollzeit

    At ZEISS Corporate Research and Technology, we develop technologies for the applications of tomorrow. Let your ideas shape the next generations of ZEISS products. We are a scientifically working group in the field of smart imaging modalities and sensor systems. We strive to develop novel sensor systems to replace costly and/or invasive solutions in...

  • Embedded Engineer

    Vor 4 Tagen

    Jena, Thüringen, Deutschland Get Your Tech Talent Vollzeit

    Key job characteristics:on-site/hybrid in Jenastart ASAPGerman language not requiredFreelance possible Dear Applicant, for one of our Germany-based clients we are looking for an Embedded Software Engineer. As a part of the client's team, you will develop and maintain software for novel laser direct exposure machines and their connection to the factory. ...

  • IT Operations Engineer

    Vor 4 Tagen

    Jena, Thüringen, Deutschland TAF mobile Vollzeit

    Komm in unser TEAM TAF mobile Gemeinsam mit unseren Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern entwickeln wir innovative Softwarelösungen für unsere Kunden aus dem Öffentlichen Personennahverkehr (ÖPNV). Aufgrund unseres vielfältigen Spektrums ergeben sich für Mitarbeiter viele Möglichkeiten. Bei uns findet jeder "seinen" Bereich. Du kannst schnell...

  • Applikationsingenieur / Application Engineer

    Vor 4 Tagen

    Jena, Thüringen, Deutschland GÖPEL electronic GmbH Vollzeit

    Für unseren Standort Jena suchen wir ab sofort, unbefristet einen(Junior) Applikationsingenieur / Application Engineer (m/w/d)für Automotive Test SolutionsDeine Aufgaben im Detail:Als Applikationsingenieur/in stehst Du im engen Kontakt mit unseren Kunden, erfasst Anforderungen, berätst bei technischen Fragestellungen und erarbeitest erste...

  • Senior Systems Engineer

    vor 3 Wochen

    Jena, Thüringen, Deutschland ZEISS Vollzeit

    Step out of your comfort zone, excel and redefine the limits of what is possible. That's just what our employees are doing every single day – in order to set the pace through our innovations and enable outstanding achievements. After all, behind every successful company are many great fascinating people. In a spacious modern setting full of...

  • Senior DevOps Engineer

    vor 3 Wochen

    Jena, Thüringen, Deutschland ZEISS Gruppe Vollzeit

    Ihre Rolle Als Teil des Future-IT Teams gestalten Sie aktiv die zukünftige Hard- und Software Landschaft der SMS. Sie arbeiten eng mit Entwicklern, Testern und Projektmanagern zusammen, um sicherzustellen, dass Software pünktlich und in hoher Qualität bereitgestellt wird. Lassen Sie ihre Visionen in unserer Hard- und Software Landschaft Realität werden....

  • Senior DevOps Engineer

    vor 3 Wochen

    Jena, Thüringen, Deutschland ZEISS Gruppe Vollzeit

    Ihre Rolle Als Teil des Future-IT Teams gestalten Sie aktiv die zukünftige Hard- und Software Landschaft der SMS. Sie arbeiten eng mit Entwicklern, Testern und Projektmanagern zusammen, um sicherzustellen, dass Software pünktlich und in hoher Qualität bereitgestellt wird. Lassen Sie ihre Visionen in unserer Hard- und Software Landschaft Realität werden....

  • Senior DevOps Engineer

    Vor 4 Tagen

    Jena, Thüringen, Deutschland ZEISS Vollzeit

    Sich etwas Neues trauen, über sich hinauswachsen und dabei die Grenzen des Machbaren neu definieren. Genau das ist es, was unsere Mitarbeitenden täglich leben dürfen und sollen. Um mit unseren Innovationen das Tempo vorzugeben und Großartiges zu ermöglichen. Denn hinter jedem erfolgreichen Unternehmen stehen eine ganze Menge faszinierender Menschen. ...

  • QA Engineer Scientific Computing

    vor 1 Monat

    Jena, Thüringen, Deutschland ZEISS Gruppe Vollzeit

    Shape the digital future of ZEISS in the Global Algorithms & Software Semiconductor Mask Solutions teamOur sophisticated algorithms evaluate enormous amounts of image data in a highly efficient manner. Only in this way we enable the performance of our complex photomask systems - the essential building block to manufacture defect-free microchips.Your RoleOur...

  • Senior DevOps Engineer

    vor 3 Wochen

    Jena, Thüringen, Deutschland ZEISS Vollzeit

    Sich etwas Neues trauen, über sich hinauswachsen und dabei die Grenzen des Machbaren neu definieren. Genau das ist es, was unsere Mitarbeitenden täglich leben dürfen und sollen. Um mit unseren Innovationen das Tempo vorzugeben und Großartiges zu ermöglichen. Denn hinter jedem erfolgreichen Unternehmen stehen eine ganze Menge faszinierender Menschen. ...

  • System Development Engineer Precision Stage

    Vor 4 Tagen

    Jena, Thüringen, Deutschland ZEISS Vollzeit

    Denn hinter jedem erfolgreichen Unternehmen stehen eine ganze Menge faszinierender Menschen.Die Mitarbeitenden von ZEISS arbeiten in einem offenen und modernen Umfeld mit zahlreichen Entwicklungs- und Weiterbildungsmöglichkeiten. Unsere Kultur ist geprägt von Expertenwissen und Teamgeist. All das wird getragen durch die besondere Eigentümerstruktur und...

  • IT Operations Engineer

    Vor 4 Tagen

    Jena, Thüringen, Deutschland TAF mobile Vollzeit

    Die TAF mobile GmbH mit Sitz in Jena gehört zu den führenden Softwaredienstleistern für den öffentlichen Personennahverkehr. Seit 20 Jahren entwickelt das internationale Team von TAF mobile App- und Onlinevertriebssysteme für digitales Ticketing sowie multimodale Mobilitätsplattformen. Du möchtest mit uns die einfache Nutzung des ÖPNV und den Umstieg...